Le « programme d’allégement budgétaire 2027 » était un sujet majeur de cette session. Avec ce train de mesures, le Conseil fédéral entend stabiliser à long terme les finances fédérales à partir de 2027 et éviter les déficits structurels. Le secteur de la formation, de la recherche et de l’innovation est, lui aussi, concerné par les mesures d’économie prévues, ce qui a donné lieu à des débats animés au Parlement. Lors de la session précédente, le Conseil des États avait déjà décidé d’apporter plusieurs modifications au projet initial. Ainsi, le volume d’économies programmé pour le financement par les utilisateurs des hautes écoles cantonales a été considérablement réduit : Au lieu des 120 millions de francs initialement planifiés, il est désormais question de réaliser une économie de 60 millions de francs. La réduction budgétaire concernant l’Agence pour l’encouragement de l’innovation Innosuisse a également été revue à la baisse : au lieu de 10 %, le Conseil des États a décidé d’une réduction de 5 %. D'autres ajustements ont eu pour objet les contributions liées à des projets (CLP) versées aux hautes écoles. Ici, sur proposition du Conseil national, le volume des économies a été diminué au profit de l’augmentation prévue du nombre de places d’études en médecine. Le Conseil national s’est également prononcé en faveur du maintien des CLP dans la loi sur l’encouragement et la coordination des hautes écoles. De plus, les coupes budgétaires envisagées pour le Fonds national suisse (FNS) ont été réduites de moitié.
